Прежде обитель именовалась Свято-Николаевской. Есть мнение, что поначалу она располагалась в с.Монастырское или в урочище «Монастырек» с. Селевинцы. В самом Немирове обитель упоминается со 2-й пол. XVIII в. В 1780-х гг. монастырь стал женским. В 1797 г. граф Винцентий Потоцкий наделил его угодьями. Обитель содержала училище для сирот из семей церковнослужителей. В 1929 г. монастырь закрыли. Позже он вновь открылся, но в 1950-х гг. был повторно упразднен. 7 марта 1996 г. Свящ. Синод УПЦ благословил возрождение обители с названием Свято-Троицкой – по имени единственного уцелевшего храма. 9 февраля 2006 г. Свящ. Синод УПЦ утвердил в монастыре ставропигию Блаженнейшего Митрополита Киевского и всея Украины. В одном из помещений обители открыт музей ее истории.